科技日报记者陈超
日本理化学研究所的一个研究小组开辟出称为“RADICL-seq”(RNA And DNA Interacting Complexes Ligated And sequence)的方式,可在全部基因组中周全检测细胞核内RNA和基因组DNA(染色质)之间的彼此感化。
科学家对良多被称为“长链非编码RNA (lncRNA)”在内的RNA功能尚不领会。而领会RNA功能,必需领会由DNA和组卵白构成的染色质区域与RNA的彼此感化。
从DNA转录的RNA分为两种,一种是具有制造卵白质信息的信使RNA (mRNA),另外一种是不具有制造卵白质信息的非编码RNA (ncRNA,非编码RNA)。在ncRNA中,长度跨越200个碱基的RNA被称为“长链非编码RNA”。ncRNA的一部门介入体内的各类进程,包罗转录和翻译,和经由过程由DNA和组卵白构成的“染色质”的布局转变调理基因表达(染色质重塑)。
新方式起首用甲醛固定细胞核内存在的RNA、卵白质和DNA,然后经由过程怪异设计的跟尾子序列毗连RNA和DNA。以后往除固定的卵白质,仅提取连系到跟尾子的RNA和DNA。经由过程下一代基因测序器读取这些基因,然后将其定位到基因组中。如许可周全领会四周存在的DNA和RNA。
研究小组开辟的方式可以同时捕捉各类核RNA的信息,包罗在调理基因组DNA的基因表达和保持染色质布局中起主要感化的RNA,和与它们彼此感化的基因组区域。经由过程这类方式取得的数据还可以用于查抄染色质若何组织和调理,并供给lncRNA功能的周全评估。此后有看作为研究核内RNA的手艺被普遍利用。
研究功效2月24日颁发在《天然通信》杂志。
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